Las epifitias son fenómenos cíclicos, es decir, consisten de ciclos repetidos del desarrollo del patógeno en relación al hospedero y las condiciones ambientales. El inóculo, que puede consistir de esporas fungosas, células bacterianas, larvas de nematodos, virus dentro de un áfido vector, o algúnos otros propágulos de un patógeno, gana entrada y establecimiento dentro de los tejidos del hospedante mediante el proceso de infección. El patógeno se desarrolla dentro del hospedante y eventualmente comienza a producir el inóculo nuevo, que, en su tiempo, puede dispersarse a nuevos sitios susceptibles para iniciar nuevas infecciones. Los patógenos que producen un sólo ciclo de desarrollo (un ciclo de infección) por ciclo del cultivo se llaman monocíclicos, mientras que los patógenos que producen más de un ciclo de infección por ciclo del cultivo se llaman policíclicos. Generalmente en climas templados hay sólo un ciclo del cultivo al año. Entonces los términos "monocíclicos" y "policíclicos" son con base del número de ciclos al año. Sin embargo, en los climas tropicales o subtropicales, puede haber más de un ciclo de cultivo al año y es importante para recordar que "monocíclico" y "policíclico" son con base en un sólo ciclo de cultivo. Estos mismos términos se usan para describir las epidemias así como también los patógenos, por lo tanto frecuentemente hablamos de una "epidemia monocíclica" o una "epidemia policíclica".
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No todas las enfermedades de postcosecha producen epidemias monocíclicas, pero en muchos casos las infecciones que resultan en las pudriciones de almacenaje ya han ocurrido antes de la cosecha o durante ésta y manipulación postcosecha antes de que el producto entre en el almacén. La pudrición progresa durante el almacenaje y el nuevo inóculo puede continuamente producirse, pero a menos de que el producto almacenado se maneje nuevamente para dispersar el inóculo y crear nuevos sitios de infección haciendo heridas pequeñas, no hay nuevos ciclos de infección. Note que el patógeno no es inherentemente monocíclico pero es limitado por el ambiente a producir solamente un solo ciclo de infección. En otros ambientes, este mismo patógeno podría producir epidemias policíclicas.
Algunas royas no producen etapas urediales o etapas repetidoras en un solo hospedero y el inóculo producido en una especie del hospedante generalmente deben infectar una especie diferente del hospedante. Esta alternancia aparentemente evolucionó en la adaptación a los ciclos anuales de crecimiento de los hospedantes y vemos un solo ciclo de infección en cada hospedante al año. Un ejemplo es la roya de manzano-cedro, donde todo el inóculo que infecta a los manzanos viene de las agallas en cedros rojos, y todo el inóculo que infecta cedros rojos viene de las hojas y los frutos del manzano. La epidemia en manzanos ocurre durante un período de cuatro a seis semanas de producción de basidiosporas en la primavera. Una segunda epidemia monocíclica en los cedros rojos ocurre durante un período breve de producción de aeciosporas durante los fines del verano.
Para ser considerada como una epidemia policíclica, debe tener ciclos de infección completos y repetidos, es decir, la infección debe ser seguida por el desarrollo del patógeno, la producción de inóculo nuevo, la dispersión del inóculo a nuevos sitios susceptibles y finalmente nuevas infecciones, todo dentro de un sólo ciclo del cultivo. Un buen ejemplo es el tizón tardío de la papa, donde un sólo ciclo de infección, desarrollo de las lesiónes, esporulación, dispersión de los esporangios e infecciones nuevas pueden ocurrir dentro de cinco días y muchos ciclos superpuestos ocurren simultáneamente durante períodos de tiempo favorable.
Cada ciclo puede aumentar más de diez veces el número de esporangios que aterrizan sobre sitios susceptibles, que resulta en epidémias explosivas. Los royas de cereales se comportan similarmente; una sola urediospora puede infectar para producir una pústula de la cual centenares de nuevas urediosporas se liberarán para infectar y producir centenares de nuevas pústulas repetidamente durante la temporada. La mayoría de las enfermedades de plantas ocasionadas por bacterias son policíclicas y muchos de los virus de plantas, con la ayuda de sus insectos vectores, también pueden producir repetidos ciclos de infección en una temporada.
No todas las fitoepidemias son claramente monocíclicas o policíclicas. Las epidemias producidas por hongos con dos etapas de esporas pueden tener elementos de ambas, a veces en fases distintas y a veces ocurriendo simultáneamente. Por ejemplo, el hongo Venturia inaequalis, el agente causal de la roña del manzano, apple scab, produce ascosporas sobre las hojas infectadas y muertas en el suelo que sobrevivieron de la temporada de cultivo previa. Estas ascosporas se liberan durante un período de seis a ocho semanas en la primavera e infectan a las hojas del manzano nuevamente desarrollándose. Debido a que ninguna ascospora nueva se produce hasta la primavera siguiente, este componente de la epidemia se considera monocíclico. Sin embargo, después de aproximadamente diez días cada lesión nueva produce un segundo tipo de esporas, conidias, que también pueden infectar a las hojas nuevamente en expansión. Así, para la parte temprana de la temporada, una epidemia policíclica se sobrepone a una epidemia monocíclica. Debido a que las lesiones producidas por las conidias no pueden distinguirse de las producidas por la ascosporas, el efecto neto aparece como una epidemia policíclica que va creciendo rápidamente.
La mancha bronceada de trigo, ocasionada por Pyrenophora tritici, produce en el mismo cultivo dos epidemias consecutivas, una policíclica y una monocíclica. El inóculo inicial ocurre en la semilla infectada y la epidemia comienza cuando estas semillas germinan para producir plántulas con lesiones en las hojas. Las conidias se diseminan en las hojas en ciclos repetidos de infección por el viento y el salpique de lluvia durante del período de desarrollo del cultivo (una epidemia policíclica). Cuando el período de floración comienza, el inóculo para la segunda epidemia se ha formado en las hojas superiores de la planta, principalmente la hoja bandera. Las flores y los granos en desarrollo son susceptibles por un período relativamente breve a la infección por el inóculo existente al tiempo de florecimiento y las lesiones en las glumas de los granos crecientes no produce inóculo capaz de infectar más granos. La infección de semilla, por lo tanto, es un epidemia monocíclica. Son estas semillas infectadas que proveen el medio principal de sobrevivencia al patógeno de una temporada a la próxima y el inóculo inicial para el nuevo cultivo. 2ff7e9595c
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